Charles werd geboren in Antwerpen in 1924. Hij liep school bij de jezuïeten, maar koos op 18-jarige leeftijd voor de witte paters. Tijdens zijn studies werd Charles gearresteerd door de Gestapo wegens luisteren naar de radio.
In 1949 legde hij zijn geloften af. Een jaar later werd hij benoemd in de kasba van Algiers, waar hij een scoutsgroep ging begeleiden. Tot 1977 was pater Charles in Algerije actief. Hij leidde een opvanghuis voor jongeren, kwam op voor de rechten van meisjes en vrouwen, richtte een beroepsschool op, een bibliotheek voor jongeren en een voetbalploeg.
Op 27 december 1994, daags na zijn 70ste verjaardag, zocht Charles Deckers zijn medebroeders op in hun gemeenschap in Tizi-Ouzou, hoofdstad van Kabylië (Algerije). Op dat moment werkte hij zelf in de basiliek Notre Dame d’Afrique in Algiers, waar hij werkte aan de relaties tussen moslims en katholieken.
Een halfuur na zijn aankomst viel een groep terroristen van de GIA binnen. Samen met de Franse overste van de gemeenschap, Jean Chevillard (69), en zijn twee medebroeders Christian Cheissel (36) en Alain Dieulangard (75), werd ook Charles in de binnentuin neergeschoten.
Tussen 1994 en 1996 werden in totaal 19 religieuzen om het leven gebracht omwille van hun broederlijke getuigenis als christenen onder moslims. “Toch was dit geen reden om het geloof in een betere verstandhouding op te geven”, zou Charles zeggen. Kerknet schrijft dat het voor Charles Deckers als een paal boven water stond dat fanatisme voortkomt uit ellende en frustratie.
Volgens Kerknet werd de uitvaart van de witte paters destijds door duizenden moslims bijgewoond. Op een witte grafsteen op het kerkhof van Tizi-Ouzou werden de namen gebeiteld van de paters met het opschrift: “Geen grotere liefde kan iemand hebben dan deze, dat hij zijn leven geeft voor zijn vrienden.”